La réaction en chaîne par polymérase communément appelée PCR, est une technique de biologie moléculaire, largement utilisée aujourd’hui, dans le domaine clinique et scientifique, car elle permet l’amplification de fragments d’ADN, à partir d’une très petite quantité de cette biomolécule.
La PCR est une technique basée sur une activité enzymatique qui se produit naturellement ou normalement à l’intérieur des cellules de notre corps. Puisque dans les cellules, les ADN polymérases sont capables de répliquer l’ADN nucléaire, pour obtenir deux copies identiques, qui seront distribuées à deux cellules filles lors de la mitose cellulaire.
PCR et COVID
Début 2020, le virus à l’origine du COVID-19, le SARS-CoV-2, a été détecté grâce à une variante de la technique PCR, la RT-PCR (réaction en chaîne par polymérase de transcription inverse en temps réel), qui est le test établi par le World l’Organisation mondiale de la santé (OMS) comme test de confirmation de ce virus pathogène.
Qu’est-ce que la RT-PCR ?
La RT-PCR est une technique de laboratoire qui permet l’identification, la détection et la quantification de l’ARN, en utilisant cet acide nucléique comme matrice pour synthétiser l’ADN complémentaire (ADNc), qui à son tour constitue la matrice d’une réaction PCR en temps réel. L’augmentation exponentielle des copies d’ADN se traduira par l’apparition d’une fluorescence dont l’intensité sera directement proportionnelle à la quantité d’ARN présente dans l’échantillon analysé, ce qui rend cette réaction très sensible même à de faibles concentrations d’ARN viral.
Rappelons que le SARS-Cov-2 est un virus de type ARN, et pour sa détection par RT-PCR, cet ARN viral doit d’abord être converti en ADN, par le processus connu sous le nom de transcription inverse par l’action d’une enzyme appelée transcriptase inverse, puis cet ADN est amplifié par l’action de l’ADN polymérase au moyen de la PCR en temps réel. L’importance de l’amplification est qu’au lieu de trouver une petite concentration du virus parmi des millions de chaînes d’informations génétiques, une grande quantité d’ADN viral peut être mise à disposition pour confirmer avec précision la présence du SRAS-Cov-2.
Les gènes de coronavirus détectables jusqu’à présent comprennent : ORF1 (cadre de lecture ouvert 1) qui est couramment représenté dans les sections a et b, N (nucléocapside), M (membrane), E (enveloppe virale), S (pointe virale) et ARN ARN polymérase dépendante.
Dans cette technique, un thermocycleur en temps réel est utilisé, qui est un thermocycleur spécial qui permet de détecter la fluorescence.
Quels échantillons la RT-PCR utilise-t-elle ?
Les écouvillons nasopharyngés et oropharyngés sont les échantillons les plus couramment utilisés pour confirmer la présence du SRAS-CoV-2 par RT-PCR.
Pourquoi utiliser la RT-PCR ?
La RT-PCR est une technique très sensible et précise, qui fournit un diagnostic fiable et assez précis en seulement 3 heures environ, bien que dans certains laboratoires, elle puisse durer de 6 à 9 heures. Mais par rapport aux autres méthodes disponibles d’isolement viral, ce test est plus rapide et présente le moins de risques d’erreur et de contamination, car l’ensemble du processus est effectué dans des tubes fermés. Et actuellement, c’est la méthode la plus précise pour le diagnostic rapide du coronavirus.
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